云南农业大学构建茶叶多组学综合数据库

时间:2023-08-09来源: 首页*中鸿娱乐注册*中鸿登录平台首页

  近日,春城晚报-开屏新闻记者从云南农业大学获悉,云南农业大学教授盛军团队构建了综合性的山茶属多组学数据库,为山茶属遗传育种提供了重要的数据支撑和检索分析平台。

  全世界有超过20亿人喝茶,被世界卫生组织推荐为六大健康饮料之首。茶树包含多个物种,如用于制备茶饮的山茶属茶树、皇室花园之花(山茶花)和油料作物(茶油树)。近年来,山茶属多组学数据迅猛增长,为茶叶生物学研究带来新的机遇,同时也带来了多组学数据整合和利用的新挑战。因此,建立一个综合性的数据库来支持茶叶基因研究势在必行。

  云南农业大学教授盛军研究团队长期致力于茶叶基因组、功效成分以及功能机理的研究。近期,他们开发了世界上首个综合茶叶多组学数据库—Teabase。该数据库收录了大量茶叶相关的多组学数据,一半以上的数据为首次发表,包括12个参考基因组和一份泛基因组组装、100份转录组,705份全球茶叶种质资源的遗传信息,1350份云南临沧地区古树茶重测序及对应的448份宏基因组测序数据。

  该团队将这些数据整合为8个基础模块,其中种和种质页面基于闵天禄茶属分类系统搭建数据库框架,共收集了265个种以及714个品种的分类信息,满足普通用户对山茶属生物资源信息的了解。数据库中采用了大量的交互式可视化图表,满足研究学者对基因、变异位点、基因表达等信息的检索、分析、整合以及下载等需求。此外,团队还开发了一系列实用的分析工具,如引物设计、基因组浏览器、基因表达查看等,共同构成了数据库的核心功能。



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